خاک‌ریزی که برای زیرسازی این خط آهن انجام می‌شود، پنج تا هشت متر ارتفاع دارد و این مساله دید و منظر نقش رجب و اطراف تخت جمشید (پارسه) را نسبت به نقش رستم از میان می‌برد. در این صورت، به‌جای این بنا که به وضوح قابل دیدن است، فقط یک خاک‌ریز دیده می‌شود و ارتباط فرهنگی و باستانی این محوطه‌ها از نظر بصری قطع خواهد شد.
فاصله‌ای که این خط آهن با نقش رستم دارد، حدود 250 تا 300 متر است و از نظر ارتعاش‌ها و سر و صدا نیز امکان دارد، تاثیر نامطلوبی بر نقش رستم داشته باشد.
اکنون پروژه خط آهن مراحل اجرایی خود را پشت سر می‌گذارد. طرح پلان این کار از سال‌ها پیش و در حقیقت، پیش از تشکیل بنیاد پژوهشی پارسه ـ پاسارگاد تهیه شده بود و اکنون این بنیاد در مقابل یک عمل انجام‌شده قرار گرفته است.
مازیار کاظمی ـ مدیر داخلی مجموعه پارسه - پاسارگاد در این باره می گوید : متولی اصلی این جریان سازمان میراث فرهنگی و گردشگری استان فارس و در مرحله بعد، مجموعه پارسه ـ پاسارگاد است.
وی با بیان این‌که مسؤولان احداث خط آهن در ابتدا باید با سازمان میراث فرهنگی و گردشگری فارس مکاتبه و هماهنگی‌های لازم را انجام می‌دادند، اظهار داشت: اطلاع ندارم که آیا از سازمان استعلام کرده‌اند یا خیر؛ زیرا هیچ استعلامی به بنیاد پژوهشی پارسه ـ پاسارگاد نرسیده است. به همین دلیل، این بنیاد هیچ‌گاه پیشاپیش درباره آنچه مسؤولان احداث خط آهن قصد انجام آن‌را دارند، نمی‌تواند چیزی بپرسد؛ ولی از نظر اجرایی هرگاه در محدوده حریم درجه یک مجموعه تخت جمشید (پارسه) کاری انجام شود، بنیاد می‌تواند جلوگیری کند.
ایرج محمدی ـ باستان‌شناس ـ نیز در این‌باره اظهار داشت : این راه‌آهن که از اصفهان به شیراز احداث می‌شود و در مسیر خود بخش اعظمی از گورستان امامزاده عقیل را نیز که در فهرست آثار ملی ثبت شده، تخریب کرده است.
راه‌آهن، سد راه جهانی شدن نقش رستم
هرگونه مخدوش کردن منظر فرهنگی نقش رستم تاثیر منفی در ثبت جهانی این اثر خواهد داشت.
بنیاد پژهشی پارسه ـ پاسارگاد تلاش می‌کند، تا نقش رستم در فهرست آثار جهانی ثبت شود. به همین دلیل، مخدوش کردن منظر فرهنگی آن، در ثبت جهانی این اثر تاثیر منفی دارد. وزارت راه باید تدبیری اساسی برای جاده‌های بین تخت جمشید (پارسه) و نقش رستم بیندیشد. همچنین راه‌آهن باید دست کم از یک کیلومتری یعنی ابتدای شهر استخر تا خروجی بعد از نقش رستم به زیر زمین منتقل شود.
این محل یک محور فرهنگی است و هر کاری در این محدوده باید در ارتباط با این محور برنامه‌ریزی شود، نه این‌که تصور شود، اینجا منطقه‌ای خالی است و هر برنامه‌ای در این محدوده می‌توان اجرا کرد.
در این‌باره افشین یزدانی یکی از کارشناسان بنیاد پژوهشی پارسه ـ پاسارگاد نیز اظهار داشته است : عبور راه‌آهن از این مسیر تا یک‌سوم پایین صخره نقش رستم را نیز ممکن است، بپوشاند و از این نظر، نمای این صخره که در اهمیت تاریخی آن هیچ شکی نیست، دچار خدشه می‌شود.
این مسیر حدود 300 متری و موازی صخره نقش رستم است که زمین‌های مورد نیاز نیز خریده شده‌اند؛ ولی هنوز زیرسازی انجام نشده است.
وی با بیان این‌که این زمین‌ها مالکان شخصی دارند و فقط بخشی از محوطه زیر نظر سازمان میراث فرهنگی و گردشگری است، ادامه داد: با پی‌گیری‌های انجام‌شده مشخص شد که نزدیک‌ترین زیرسازی در دو کیلومتری نقش رستم است؛ ولی اطلاع نداریم که آیا مسؤولان راه‌آهن فکری در این‌باره که ارتفاع این زیرسازی را کم کنند، کرده‌اند یا خیر.
او با اشاره به این‌که تدفین تمام شاه‌های هخامنشی در این محل انجام شده است و اهمیت بنای کعبه زرتشت و نقشهای دیگر ساسانی و این‌که کاوش‌های سال‌های پیش نشان می‌دهند، آثاری از اوایل دوره اسلامی نیز در این محل وجود دارند، اظهار داشت: اگر در این دشت راه‌آهنی با هشت متر ارتفاع در نزدیکی نقش رستم رد شود، دست کم از نظر منظری لطمه زیادی به آن وارد می‌کند، حتی اگر مسائل دیگری مانند فشار و لرز‌های ممکن را نادیده بگیریم که البته لرزش‌ها بیشتر به کعبه زرتشت آسیب خواهند رساند.
وی با اشاره به مشکلی که در ثبت جهانی میدان نقش جهان اصفهان پیش آمده است، افزود: راه‌آهن به ثبت جهانی نقش رستم نیز لطمه می‌زند و در تلاش هستیم که یا ارتفاع زیرسازی کم شود، یا مسیری ایجاد شود که در حریم منظری این اثر مشکل ایجاد نکند.
به گفته یزدانی مسؤولان راه‌آهن تاکنون درباره عبور راه‌آهن از مقابل نقش رستم به بنیاد پارسه ـ پاسارگاد هیچ اطلاعی نداده‌اند و نقشهای را هم ارایه نکرده‌اند. فقط نامه‌ای ازسوی سازمان میراث فرهنگی و گردشگری برای پی‌گیری موضوع به بنیاد فرستاده شده است.
